U principu nije u redu da ti svoje cgi-ove držiš u opštem cgi direktorijumu, ali web administrator (odn. ili root ili vlasnik apache konfiguracionih fajlova - httpd.conf) može da ti dozvoli da u nekom svom direktorijumu izvršavaš cgi skripte ili da te ubaci u neku grupu www koja je vlasnik sistemskog cgi-bin direktorijuma (lupio sam ime grupe jer može da se zove kako god hoće).

Ideja privilegija je ovakva:
Svaki korisnik može da bude član više grupa (to ti je kao kod nas, dva srbina - tri partije ).
Svaki fajl ima svog vlasnika i svoju grupu.
Svaki fajl ima zasebne privilegije za čitanje, pisanje i izvršavanje za vlasnika, za grupu i za sve ostale. Samo vlasnik može da menja te privilegije.

E sad, root ti je posebna vrsta korisnika koji je takoreći implicitni vlasnik svih fajlova, tj. on može da radi šta hoće i kad hoće sa bilo kojim fajlom...

root account može da se klonira tako što u /etc/passwd upišeš da je tvoj user id 0, ali to baš i nema puno smisla jer onda ti postaješ root, samo što se loguješ sa nekim drugim imenom

Ali ti kao webmaster možeš da budeš vlasnik svih relevantnih fajlova vezanih za web (ili ako ne baš vlasnik, a ono barem u grupi u kojoj su i ti fajlovi sadržani).

Pogledaj malo neke tekstove o osnovama linux-a, ja sam imao negde neki početnički kurs za linux na srpskom, pa ako ga nađem, poslaću ga ovamo...

Pozdrav