najbolji alat na svetu za to je MySQL Enterprise Monitor - na zalost nije ni open source a ni dzaba: http://www.mysql.com/products/enterprise/monitor.html

ono sto mozes da zbudzis dzaba je da uzmes mysql performance monitor i da ga uglavis u zabbix ( http://www.fromdual.com/mysql-performance-monitor ) ... olijev sajt je prilicno dobar tako da mozes naci svasta korisno, npr spisak svih mogucis resenja za monitoring: http://www.fromdual.com/mysql-monitoring-solutions ...

u poredjenju sa MEM-om (mysql enterprise monitor) svi su "pateticni" :( ..

ovih dana sam koristio http://www.jetprofiler.com/. nije savršen ali, mogu reći da uopšte nije loš. na primer, zakači se za server i pakuje najfrekventnije upite a i mnogo toga drugog. ima i grafičko tumačenje "explain"-a, kao i pristojnu grafiku za razne parametre, mogućnost "zumiranja" vremenskog intervala, itd.