Nisam siguran da postoji podesavanje u mysql-u, ali mozes da probas da na pocetku scripta ispitas trajanje svih processa i ako je time>3000 ubijes ga.

$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result)) {
$process_id=$row["Id"];
if ($row["Time"] > 3000) {
$sql="KILL $process_id";
mysql_query($sql);
}
}

http://www.mysql.com/doc/en/KILL.html

Dobra ideja, samo sto bi onda stavio da mi se ta scripta izvrsi na svakih npr: 1 minut pa da ubije proces koji dugo traje.

Nisam mozda bas detaljno izneo problem ali evo malo opsirniji opis:

Imam jednu web aplikaciju koju sam radio u PHP-u i koju koristi negde oko 100 korisnika i to sve fino radi. Medjutim ima korisnika koji pristupaju MySQL bazi preko trugih klijenata (npr: EXCEL, ACCESS, ima jedno programce u VB-u, itd.). Glavni problem je sto nekome nekad padne napamet i da da se izvuku neke statistike za poslednjih godinu i vise dana (u toj jednoj tabeli trenutno ima oko 1800000 redova sa 57 kolona). To i nije neki problem kada se desi pred kraj radnog vremena jer ostali su sve zavrsili pa nema problema ali to se desava i u toku radnog vremena pa mi je potrebno nekako da ako neko posalje takav upit koji ce na duze vreme smoriti masinu da ga jednostavno prekine.

Hvala u svakom slucaju, ako mi neko ne predlozi bolje resenje iskoristicu ovo.

Pozdrav.

Pa mozda bi te statistike mogao da prebacis na drugu masinu ili da rezultate tih upita kesiras (rezultat upita prebacis u posebnu tabelu -- simuliranje view-a)??
Elem nema elegantnog resenja u PHP-u za tvoj problem, meni na pamet pada samo jedno resenje:
Kada se pozove problematicni skript ti pre upita ka bazi pokrenes jos jedan u pozadini (preko fopen(), system() ili cega vec). Taj drugi skript treba da saceka 5 minuta i da proveri da li se i dalje izvrsava upit ka bazi (mada ovo spada u veoma "prljavo" resenje).