JavaScriptom sigurno ne, dok je u Javi apsolutno moguće. Samo, ukoliko ti zaista treba JavaScript, onda si pogrešio forum.

postoji jedan propust u ie, gde mozes iz xml-a pokrenuti apolikaciju, ali nadam se da je to microsoft ispravio, a ako nije neko je drugi vecc, verovatno zakrpio. znaci i nije bas neko resenje, jer cce raditi samo kod nezasticcenih.

iz java scripta nema sanse da se to uradi, a iz jave :

Runtime R = Runtime.getRuntime();
Process P = R.exec(S);

gde je arg S putanja do aplikacije.

iz apleta ovo takodje ne mozes da uradis, zbog velikih ogranicenja apleta na kljientovom sistemu...