Ima dve vrste "izgradnje" layouta sajta:

Table design - rad sa tabelama. Po meni, najlakši način. Potrebno je poznavanje HTML koda (ako želiš napraviti ispravnu stranicu), i mogu se koristiti bilo kakvi dodatni jezici, stilovi itd.
Tableless desing - rad sa CSS kodom i layerima. Nije dovoljno uraditi samo layer layout, jer layeri nisu baš precizni (u IE će biti stranica ok, u FF će sve pobrkati itd.) Kada se CSS iplementuje u kod, u radu sa layerima, onda će biti ok.

Kada se uradi layout, po tom "šablonu" radiš ostale stranice. Znači, kad završiš prvu stranicu, sa sve footerom, headerom, navigacijom itd., onda samo menjaš tekst i ideš Save As kao drugu stranicu. Samo, preporučujem ti da linkove uradiš ispravno (znači, link Home ka home.htm), da ne bi posle morala da otvaraš svaku stranicu i menjaš linkove.

Što se tiče tvog pitanja, najbolje je ili template ili baza. Na tebi je odluka