Hmm...malo mi je nejasno. Svaki protokol ima svoj set funkcionalnosti, nebitno sta koriste isti master protokol, TCP/IP ili UDP/IP. Kad ostvaris aktivnu vezu sa serverom na port tvog desired protokola, koristis komande koje opisuju taj protokol za predavanje ili povrat informacija. To cak i nema tolike veze sa programiranjem, vec sa samim arhitekturama protokola, dakle to moras istrazit po Internetu.

A ako mislis napravit svoju klijent-server aplikaciju, na svom protokolu, nije toliko tesko. Moras napravit set komandi i implementirat njihove funkcionalnosti na serveru, ostalo je klasika -> otvoris port, ostvaris vezu, i izdajes komandu, dok je tvoj klijent na listen i ceka odgovor sa servera. Bitno je da ti imas tocno definiranu komandu, i kad je posaljes na server koji je primi, da on zna sta treba s njom, procesira je, i salje nesto nazad klijentu (po potrebi).

Ovo prvo je upitanju, znam naravno da svaki protokol ima svoje komande, e to mi upravo treba, gdje mogu pronaci na netu komande vaznijih protokola http/pop3/smtp itd, gdje je na primjeru data povratna informacija od servera i informacija koja se treba poslati.
Izbunario sam da za provjeru mail-a na pop3 ide prvo USER, pa PASS, a nakon toga STAT, al' recimo ne znam sta proslijediti sa STAT, tako da ovdje dobijam error, kao povratnu informaciju.

Kao što je žare naveo, to je neka osnova od koje počneš... Odrediš set komandi, format, aplikaciju koja će da prati te portove i izvršava komande itd...

To je neka osnova... Sledeći korak ti je da uvedeš threading, pa svaki paket ima svoj ID... Pa onda uvedes redunancy check poruke, pa onda uvedeš neku osnovnu enkripciju, pa onda dolazi kerberos, odnosno client-server authentifikacija :)

Za svaki protokol, postoji odgovarajuci RFC (Request for Comments), to je verovatno najbolje da pogledas za protokole koji te zanimaju. Npr, za POP3, pogledaj RFC 1939:

http://www.faqs.org/rfcs/rfc1939.html

@bzero to je ono sto mi teba ;-)