To je malo šire pitanje iz prostog razloga što postoji priličan broj alata i API -ja za GUI programiranje pod linux-om. Meni lično se svidja Qt (koja je baza KDE desktopa) jer nalazim da je vrlo sličan Microsoftovom MFC-u za windows (čak je čini mi se i lakši za korišćenje), ali tu su i GTK (koristi se u gnome), TK kao proširenje za Tcl jezik, a za one malo zahtevnije može da se proba i sa X api-jem (sa kojim nisam ništa probao ali se svi slažu da je težak za učenje i rad i sada se malo direktno koristi).

Sve u svemu Qt je odličan za početak i verovatno će zadovoljiti sve tvoje potrebe, podržan je dobrim alatima i jedina mu je mana što nije pod GNU licencom tako da ako hoćeš da izdaš nešto komercijalno mora da se plati licenca (ako izdaješ pod GNU licencom i učiniš svoj kod dostupnim ovo nije ptrebno).

Inače kompjuter biblioteka je izdala knjigu osnove linux programiranja koja te može uputiti u većinu alata i programskih jezika koji se koriste (ali te neće naučiti naprednije stvari u vezi GUI programiranja), a dokumentacija ne net-u za sve ove alate je vrlo obilna.