Teško da možeš da koristiš notepad za tu svrhu, a ne verujem da možeš da pišeš "u fajl"
(osim ako ne nađeš nekorišćene bajtove), mogao bi da dodaš podatke na kraj fajla.
Šta ti treba tačno?

Za pisanje na kraj exe fajla koristi neki hex editor, notepad neće raditi zato što binarne podatke iz exe fajla posmatra kao niz karaktera kojima prilikom snimanja promeni kodove.

Pre nego što išta počneš da pišeš ne bi bilo loše da se upoznaš sa strukturom EXE fajlova (PE). U tome ti mogu pomoći i PE View-eri koje imas svuda po netu.