.NET Framework ne mozes provjeriti programom pisanim u .NET-u.
Da se bolje izrazim, .NET Framework je neophodan za pokretanje programa pisanih u .NET-u. Ako ga nema onda ne mozes ni provjeriti da li je .NET Fr. instaliran jer se program koji si pisao nece pokrenuti.
Moze jedino programima pisanim u nekom drugom jeziku ali to nije predmet ovog foruma

Probaj Inno Setup. Mislim da to mpže u njemu da se uradi a i besplatan je.

Desni click na setup projekat pa onda properties. Tu imaš Prerequisites. Selectuj stavke koje ti trebaju (npr. .NET 2.0, SQL Server Express....), i oni
će biti uključeni u setup. Prilikom instalacije programa, prvo se proverava da li su te stavke instalirane (ako nisu, prvo se one instaliraju)....
Da bi proverio da li je instaliran neki program (npr. Acrobat Reader....), proveri da li postoji u registry bazi...

Ako formiras instalaciju pod visual studiom vec po formiranju setup projekta ta opcija za .NET formirana. Sto se tice Acrobat potrebno je da postavis svoj uslov u setupu za acrobat. On radi na bazi da u registryu potrazis da li je taj program instaliran. Probaj da saznas gdje u registriju se nalazi podatak o instalaciju Acrobata, a shodno tome i da napravis uslov za instalacjiu.