Nisam bas 100% siguran, ali mislim da to zavisi od regionalnih podesavanja u windowsu, dakle idi u control panel i zadaj u regional & language options format koji ti treba i to je to.

Već mi je sve na Croatian.
Radi se o tome da kad unosim ili update-am neki zapis u bazi podataka, moram pretvoriti sve zareze u točke. U bazi podataka, pak, svi su zapisi uredni - sa zarezima. Kad ih dohvatim preko upita, opet imaju zarez.
Dakle, problem je samo kad unosim ili update-am....

Malo sam googlao i nisam našao na neko rješenje, osim da algoritmom promijenim sve zareze u točke kod unosa ili ažuriranja.

U Customize Regional Options podesi sledece vrednosti:

Decimal symbol: .
Digit grouping simbol: ,

Ostalo mislim da mozes da ostavis po difoltu za Croatian.

Ovaj predlog može možda da reši problem na jednom mestu ali generalno nije dobro rešenje jer narušava utvrđena pravila regionalnih podešavanja pa onda verovatno neki drugi program koji koristi ova podešavanja neće raditi ispravno.
I windows i MS SQL potpuno podržavaju lokalna podešavanja za Hrvatski jezik i nije potrebno ništa menjati da bi sve pravilno radilo.
Nisi nigde naveo kakav interfejs koristiš za pristup podacima u SQL bazi, ali prema ovome što si rekao tvoj problem najverovatnije leži u tom segmentu ako je SQL server korektno podešen za upotrebu hrvatskog jezika.