Potrebni su neki detalji: user i grupa kojoj pripadaju aplikacija i ti fajlovi. Ako aplikacija pripada grupi root, sve sto treba je da uradis setgid. To se radi u konzoli kada si ulogovan kao root:
. Mislim da bi moglo da se odradi i preko ACL (access control list). Ako ne upali ovaj fazon, onda javi sta se desilo, pa cemo da nadjemo drugo resenje.

ma konkretno aplikacija je eclipse

ja sam eclipse stavio u direktorij u koji kao user nemam pristup ali sam na direktorij stavio

chmod -R +r eclipse/
chmod +x eclipse/eclipse (ovo za pokretac aplikacije)

helem, sada hocu da kad otvorim eclipse imam pristup nekom folderu koji je inace pod rootom samo trenutno dostupan
konkretno radi se o folderu koji je root za web server (iako to nest nije vazno sta je :))

Ne mora da bude grupa root, setgid radi sa bilo kojom grupom. Isto važi za setuid. Problem je što ti na Linuksu setuid/setgid flagovi verovatno neće raditi kad ih nalepiš na shell skript (ograničenje uvedeno iz sigurnosnih razloga). Morao bi da ih lepiš na Java VM binary, što je ružno, ali bi radilo.

Elegantnije je rešenje svakako da dodaš fajlove koje menjaš, i korisnika koji ih menja, u neku grupu (npr. "www"), pa da on može da im pristupa iz bilo koje aplikacije.

moram li kad god dodajem i kreiram novi fajl da ga ubacujem u tu grupu?
to bi bilo jako nezgodno!?

:( ima li ko ideju kako?

Pa ne moraš, neka i direktorijum u kome su web fajlovi bude u vlasništvu te grupe, i neka ima mod 775, korisnik će moći da pravi nove fajlove u njemu.