Code:

DirectoryInfo directoryInfo = new DirectoryInfo(@"c:\myDirectory");

FileSystemInfo[] files = directoryInfo.GetFiles();
FileSystemInfo[] directories = directoryInfo.GetDirectories();

for (int i = 0; i < files.Length; i++)
{
    if ((files[i].Attributes & FileAttributes.Hidden) == FileAttributes.Hidden)
    {
        // fajl je skriven
        // ...
    }
}

for (int i = 0; i < directories.Length; i++)
{
    if ((directories[i].Attributes & FileAttributes.Hidden) == FileAttributes.Hidden)
    {
        // direktorijum je skriven
        // ...
    }
}