Nećeš pogrešiti za šta god da se opredeliš.

PHP je možda lakše implementirati u divljini na Internetu (jeftin hosting, široka rasprostranjenost).

U nekim kompleksnim sistemima nedostajaće ti generici i bogatije strukture podataka koje postoje u Javi. Pretpostavljam da bi se Java rešenje verovatno bolje skaliralo sa porastom količine koda (što ne znači da ne možeš da napišeš veoma ružan Java kod).

Veliki problem za PHP je što ne postoji podrška za multithreading/multicore i deljenu memoriju (svaki zahtev se izvršava kao jedan proces i ne zadržava se memorija između dva zahteva pa moraš da čuvaš podatke u bazi/datotekama preko sesija). Sa druge strane, upravo zbog toga PHP može lako da se horizontalno skalira (dodaš još servera + load balancing).

Sa PHPom ćeš verovatno brže doći do rezultata, makar se meni čini da se "glue" i "prototip" kod tu brže piše. Nije prevaziđen. Pored PHP/Java imaš još i Python, Ruby, LISP (i varijacije), Smalltalk, Perl, ASP.Net, a postoje web framework rešenja i za C/C++... tako da teren je daleko širi nego što ti se čini.

PHP sigurno nije prevaziđen, jer se i dalje progresivno razvija.
U verziji 6 se očekuje da bude pravi OO programski jezik.

Velika mu je prednost što se može hostovati na najvećem broju servera.

Ono što je loše za njega jeste dobro za početnike i nesposobne likove koji lako mogu napraviti "nešto" i to rade na neodgovarajući način - čitaj: brljanje.
Zbog toga PHP nije na dobrom glasu.