php nema veze sa tim mysql-om, a drugo, i ta verzija php-a moze se kaci na mysql 5.x bez problema

Mozda ti imas neki drugi problem. Sto se tice update-a, trebalo bi da moze da ga samo instaliras preko postojeceg php-a.

Po PHP ChangeLog-u podrska za mySQL 5 dodata je tek u verziji 5.1.0...

Da li da koristim unzip(overwrite) ili MSI instaler pa novi folder?

a ne ne, ti mozes da se zakacis na mysql 5 iz php 4, samo nemas podrsku za sve funkcionalnosti mysql-a

Gle, ja nisam korisnik windows-a pa ne mogu da kazem sta ti je bolje, ali kolko mi logika kaze, trebalo bi da bude totalno svejedno.

Ako radis samo unzip, treba da znas, da ces par fajlova mozda morati da iskopiras u dir gde je apache (libs folder), u zavisnosti kako je apache podesen
I da, u svakom slucaju ces morati da podesavas apache, jer se razlikuju imena apache modula za php 4 i za php 5