O tome se prije trebao razmišljati. Trebao si napraviti 301 redirect rules za htaccess da ti automatski forwarduje html verziju na php, ako ništa - da ti 404 error forwarduje na HP.
Registruj se u webmaster centralu, pobriši stare URL-ove i dodaj sitemap sa novim i onda čekaj. A mogao si fino popisati stare url-ove pa uraditi što si trebao unaprijed uraditi.

Ukoliko imas sajt sa velikim brojem poseta nisi trebao jos da brises html stranicu nego da napravis sa nje redirekciju na php stranicu bar dok google ne osvezi index

sajt ima oko 80 stranica, ali google mi je osvjezio pocetnu stranicu i na nju se moze uc, a dali bi bilo dobro da uzmem drugu domenu pa da napravim sitemap.xml na toj drugoj domeni i da dodam na google.

Nebi bilo dobro, dodaj na toj što imaš sada i tako ćeš ubrzati proces.