Hmm sve sto mi pada napamet jeste da probas desnim klikom nad console i da je detachujes, tako ces dobiti nezavisan prozor pa onda njega veselo pozicinoriaj tamo gde ti odgovara.

Ako je Console Detached, onda pri svakom kliku na prozor Eclipsea(koji se nalazi na Workspace 1) workspace mi se pomeri na onaj na koji se nalazi Console (Workspace 2), zato sto onda Eclipseov main Window postaje Console.