otvori Properties Window setup projekta. videces dva propertija od interesa, DetectNewerInstalledVersion i RemovePreviousVersions. oba setuj na True.
ne zaboravi da promenis vrednost Version propertija pre build-a.

Izvini dugo niko nije odgovarao pa sam prestala gledati. Mislim da sam to sve vec davno pokusavala pa nije bas radilo ali hajde ovako. Da li ta opcija radi i kada napravim novu instalaciju od pocetka koja ce se zvati isto kao stara? Znaci ako uradim format sistema, i pravim novu identicnu instalaciju hoce li je prepoznati ili je neophodno imati izvorni code prve instalacije pa da on nesto po njemu povezuje?

ne treba ti source code prve instalacije. samo izvrsavanje instalacije setuje odredjene vrednosti u registry (assembly name, version...) na osnovu tih vrednosti, instalacioni program "zna" da li je i pod kojom verzijom program vec instaliran.