MySQL server has gone away - znaci da si
- izgubio vezu sa mysql-om (network error - ako je mysql na drugoj masini)
- mysql ti je prekinuo konekciju - na primer zato sto si imao dug delay izmedju 2 upita
- mysql se zabo/resetovao/ugasio - iz bilo kog razloga, bug, neko ga je rucno resetovao, sistem ga je ugasio/resetovao ..

koji od tih razloga je tacno iz tvog posta ne moze da se zakljuci. pogledaj error log mysql servera - tamo pise ako je druga ili treca opcija.

Možeteli mi objasniti gdje to da pogledam, nemam iskustva sa mysql bazama

u /etc/my.cnf bi trebalo da pise gde je log file. ako ne pise, pogledajte sta pise gde je datadir pa tamo pogledajte da li ima .err ili .log file. u njemu je error log.

ako radi mysql, "show variables like 'log_error';" ce ti reci gde ti se nalazi error log.. pa pogledaj sta u njemu pise.