Pa generalno, trebalo bi da taj .jar fajl možeš da izvršiš exec() funkcijom, ovako nešto:

Pri čemu će rezultat, odnosno ono što bude ispisao taj jar fajl da se smesti u $output promenljivu.

U java klasi appleta postoje dve funkcije. Može li da se pozove samo određena funkcija iz te klase? Ovako dobijam array u PHP promenljivoj.

Moja greška! Drugi parametar i jeste niz. Treći je promenljiva. Nego kako pozvati f-ju iz klase?

Ako misliš na parametre exec() f-je, da drugi parametar je niz, i on će se "napuniti" linijama koje bude ispisala komanda koju izvršiš u prvom parametru, u tvom slučaju taj applet.

A i druga stvar, šta tačno hoćeš da uradiš? Jel ti taj applet ispisuješ negde na toj stranici, pa hoćeš da pokupiš neke podatke iz njega nakon neke akcije korisnika? Java applet-i se izvršavaju na klijentskoj strani, PHP je serverski jezik, a pritom se applet obično load-uje nakon izvršavanja PHP skripte. Stvarno ne znam, možda bi nekako GET-om mogao da pošalješ nešto konkretno iz tog applet-a ka serveru...