Gle, Wine nemože baš svaki program pokrenuti bez problema, neki idu bolje neki ne.
Napiši konkretno koji te program zeza, i eror (ako ga ima) koji je.

Resenje sa mnogo manje cimanja je Windows u virtualbox-u ;)

Napravis jednu instalaciju windows-a u vbox-u, bekapujes je kad sve
podesis kako treba (napravis snap-shot), i imas je "vavjek i vekova" kad zatreba win :)

Sto se wine-a tice, kao sto rece kvaju, moras napisati kakve greske su u pitanju, sta se desava, opisati malo detaljnije problem.

VDownloader je program koji mi pravi problem,kada hocu da pokrenem instalaciju on izbaci da mu je nepoznat format .exe

I meni je pravio problem kad hoću da ga instaliram sa CD-a. Prekopiraš program na komp, pa desni klik na ikonicu programa, pa properties=>permissions i čekirati opciju "allow executing as a program".
Probaj, ne može ništa da škodi. :D