Probaj da kreneš malo, pa ostaviš malo koda da pokažeš šta si uradio i pitaš šta ti nije jasno. Ovako čisto sumnjam da će neko da razbija glavu da razmišlja kako i šta da organizuje u tvojoj aplikaciji. Po mom mišljenju trebalo bi malo jasnije da definišeš pitanje.

Podatke možeš čuvati u bazi, u običnom (plain) tekstualnom fajlu, u xml-u, itd. Kao što rekoh kreni da radiš nešto pa se javi sa konkretnim problemom.

Imas na internetu da nadjes mnogo open-source igrica ciji je serverski deo pisan u PHP-u, pogledaj neke. Mogu ti preporuciti sajt hotscripts.com za pocetak, ima dosta materijala koji mozes pregledati.