O tome si trebao pre skeniranja da misliš :)
Mislim da ti je najlakše rešenje upravo da sve ubaciš u Word i 'odprintaš' u PDF. Sve ostalo je komplikovanije.
Druga mogućnost je da sve odradiš sa nekim OCR programom (Fine Reader je OK), i prebaciš u PDF.
E, da - ako nadješ vremena posjeti MV Doulos u luci - ima dosta zanimljivih knjiga, i pozdravi mi Angie iz Kejptauna :)
Vise o Doulosu : www.mvdoulos.org

Kao što ti je rekao @teacher, uzmi OCR program. Sa njim sam dosta radio (Fine Reader) pa ti iz iskustva kažem da ti kvalitet prepoznavanja teksta zavisi od kvaliteta skenirane slike i biblioteke reči (biblioteku obavezno osveži). I program nije savršen ali uči u hodu :)) Kad sve prebaciš u Word sredi fajl i konvertuj u željeni pdf format.

Na sajtu

http://www.thebeatlesforever.com/processtext/

imaš dosta konvertera različite namene. Nažalost nemaš direktno image2pdf ali imas image2text

http://www.thebeatlesforever.com/processtext/abcimg2t.html

Sad sam proverio link i piše "Coming soon!" :(( strpi se...

Mislim da je jedio pravo rešenje ako na mašini imaš Adobe Acrobat. Pusti sve kroz Distiler i dobićeš PDF file.

Ili pdfFactory (1.8 MB), www.pdffactory.com