http://www.codeforge.com/article/171042

zar se sve ne svodi na AD konverziju?

Tacno tako...
Ali sam mislio da postoji neki standardni kod za konverziju.

NPr. imam pt1000 sondu, za 1000 oma temp je 0 °C.
koeficijent tj. umnožak je 3,9oma za 1 °C.

Recimo da ova sonda ima opseg od -80 do 300 °C.
Vrednost ad konvertora za arduino uno rev 3 idu od 0-1023.

to znaci da trebam skalirati otpornost koju dobijam sa sonde na opseg od -80 do 300 a zatim mapirati na opseg 0-1023, a može i direktno...

Ne samo da bi morao da skaliraš vrednost dobijenu sa A/D konvertora već bi morao i da kompenzuješ nelinearnost Pt elementa.
BTW temperaturni koeficijent za Pt-100 je 0,385 Ohm/C, shodno tome za Pt-1000 je 3,85 Ohm/C.

Pročitaj: http://www.acam.de/fileadmin/Download/pdf/English/WP003_e.pdf

Kompenzacija se odnosi na dodatnu otpornost vodova?

E sad kako mogu kompenzovati nelinearnost za pt1000 sa 2 žile?

Sa 2 zile (koliko ja znam) nikako... treba ti treca zila koja kompenzuje otpornost vodova...

Linearizuješ uz pomoć "matematike" koja je u .pdf za koji sam ti dao link. Kompenzuješ tako što izmeriš otpornost kablova koji ti idu od 'duina do senzora i to tako što kroz te kablove guraš istu struju koja bi ti prolazila kroz Pt element i izmeriš pad napona, posle je lako :).
Druga varijanta, napraviš 100R od 10 paralelno vezanih 1k metalfilm 1% otpornika ili 10 paralelno vezanih 10k metalfilm 1% otpornika, koji će ti predstavljati otpornu referencu od 0 stepeni i pomoću njih sračunaš potrebnu kompenzaciju provodnika.
Ovo je prilično dobar način kompenzacije pod uslovom da ti se temperatura okruženja u kome se nalaze kablovi ne menja u velikim granicama.