Gotovo da sam siguran da 20 modula nece usporiti server.
A inace sto se tice dileme fajl/baza mislim da sa danasnjim bazama uopste nije velika razlika, tako da bih ja odabrao bazu.

E sad druga je stvar da li to tebi vise odgovara, ne znam tacno kako planiras da koristis te module, ali recimo ako modul instaliras tako sto samo kopiras folder u projekat onda bi recimo XML bio prakticniji, jer ne bi zahtevao nikakvo dodatno pisanje u bazu.

Ja ne bih koristio ni XML, nego php u kome predefinises sta treba.

Ja sam nesto zamislio kao sto joomla ima xml fajlove na modulima. CUva osnovne informacije o modulu a statuse o instalaciji u bazi.
Sada moja instalacija modula je uplodovati zipovani modul koji ce se ekstratovati na odredjenoj lokaciji u projektu i upisati ime modula , opis i status o aktivnosti.