Najbolji je uvek diskutabilno... Probaš više njih pa vidiš koji ti najbolje odgovara.

http://magento.com/

https://www.zen-cart.com/

http://www.oscommerce.com/

Joomla + http://www.virtuemart.net/

Wordpress + http://www.woothemes.com/woocommerce/

https://www.prestashop.com/

--

http://www.shopify.com/

http://www.shoppingcartelite.com/

...

Ako glasamo, reko bih Magento. :)