Uvek bih menjao Eclipse sa Idea-om:

Idea radi brže, pretraga fajlova je za red veličine brža, komande su logičnije, eclipse nikad neće raditi dobro sa mavenom zbog svoje filozofije, refactoring i sitni hintovi kako unaprediti kod je u Idea neprevaziđen, debuger mi je prijatniji, posebno u novoj IDEA, novitete java jezika mnogo pre usvajaju i brzo se izbacuju update-i, interface je bolji i lepši, auomatski radi save fajla (ne postoji Ctrl+S)...

Pri tom poredim običnu besplatnu verziju Idea-e. Prednost Eclipse-a je što ima puno oblika, puno pluginova (ali koji mogu da se pokolju) i što praktično jako brzo i automatski builudje mada to može biti i problem... I što je besplatan osim nekih jako korisnih pluginova :)