Neće se izgubiti proizvodi, ali ako "predložak" (misliš na "theme") nije odgovarajući, onda možda samo nećeš videti proizvode - uvek možeš postavku vratiti na onaj prethodni "predložak".
Ako koristiš Virtuemart, koliko se sećam, "theme" mora da bude baš za Virtuemart, nije kao kod Wordpress-Woocommerce kombinacije, gde svaka WP tema može da se koristi i za Woocommerce (mada je sličan problem, da li će se proizvodi i ostali elementi prodavnice videti kako autor želi).

Dakle, slobodno probaj drugi "predložak", pa ako ne ide, onda vrati na stari.
Mada, svakako je savet da se napravi kopija cele prodavnice - ovde je najbolje koristiti virtuelnu mašinu (VM), jer je backup najlakši, ako se trenutno ne koristi, a ima se pristup serveru, može uvek da se od klasične instalacije napravi VM, onda se instalira proxmox, vsphere ili nešto treće što je "bare metal" i na to se prodavnica doda kao VM).

Ukratko, najbolje je iskopirati celu particiju, ako je moguće (ako je prodavnica jedini sajt koji je hostovan na serveru), ili propisno uraditi backup prodavnice (postoje dodaci za to, ja sam na WP koristio Akeeba backup, postoji i za Joomla/Virtuemart), pa se tek onda igrati.

Možeš da napraviš novu instalaciju prodavnice na lokalu (npr. Xampp ili Wampp), dodaš samo nekoliko proizvoda ili pri instalaciji izabereš da ti instalira primere proizvoda, pa onda možeš da testiraš da li neka tema radi kako treba, kad budeš zadovoljan izabranom temom i uveriš se da sve radi, možeš da instaliraš i podesiš tu temu i na serveru.