ako se ne varam, rpm prikazuje podatke iz svoje interne baze koje se ne update-uje kada program instaliras sa make/make install ..

rpm ce pokazati novu verziju samo ako si paket instalirao sa:
rpm -i ... ili
rpm -U ...

dakle, stanje je verovatno sledece:
- nova verzija je instalirana,
- rpm nije svestan toga
- koja verzija se koristi zavisi od toga da li su novi fajlovi pregazili stare ili su instalirani na novim lokacijama (u kom slucaju je bitno koji direktorijum se pre nadje u PATH-u).

Deinstaliraj staru verziju preko RPM-a. Poslije toga se neće nalaziti u RPM bazi. Onda instaliraj noviju verziju parted-a.